专项附加扣除的钱去哪里了？

个人所得税专项附加扣除是抵扣个人所得税的应缴所得额的，也就是抵消计税金额的。即工资6000需要交纳个人所得税，但有专项附加扣除抵扣了1000，应交所得额变成了5000，就不需要交纳个人所得税了。

根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条应纳税所得额的计算，居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。