酒曲菌种是酵母菌，酵母菌是一种单细胞真菌，是一种用肉眼看不见的微小单细胞微生物，可以把糖发酵成酒精和二氧化碳。酵母菌在整个自然界中，在有氧和没有氧的条件下都能够存活，是一种天然的发酵剂。酒曲是在经过强烈蒸发的白米中，移入曲霉的分生孢子，之后保温，米粒上就会茂盛的生长菌丝，这就是酒曲。制曲原料主要有小麦和稻米，分别叫麦曲和米曲。
在现代把酒曲区分为五大类，用来制作不同的酒，麦曲主要用于黄酒的酿造；小曲主要用于黄酒和小曲白酒的酿造；红曲主要用于红曲酒的酿造；大曲用于蒸馏酒的酿造；麸曲主要用于酿造白酒。
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