很多人认为eva有两个版本的结局。旧剧场版结局，全世界的人被还原到灵魂状态全都都回归到生命海洋，就剩下明日香和碇真治两人保留人类形态，其他人无论是生还是死的肉体都回归到原始海洋，最后结局世界上就只剩下他们两人，最后真治还掐着明日香的脖子，而本来已经是假死状态的明日香突然醒了，于是就这样结束。
很多人认为这是新世纪的亚当与夏娃，但这个结局确实让很多粉丝伤心。从现代社会直接回归到原始社会来生存，难以预想他们以后的日子。最后人类社会再次发展到现代社会，真治到东京读书在列车上可以看到已经成为遗迹的EVA量产机，下车后真治再次和明日香相遇，不过这次已经不是因为大家都是EVA驾驶员相识，而是作为两个在路上偶遇的陌生人，说不定以后连再见的机会也没有。
显然漫画版的结局要更让人暖心一些，在经历毁天灭地的战斗之后，所有人都回归到黑之卵再重新经历一次繁衍，这次主角真治终于没有落单，显然重生后世界没有了使徒和EVA，是一个普通正常的世界，这个结局更能让人容易接受。
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