江苏双一流大学有2所，为南京大学和东南大学。南京大学简称南大，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，中央直管高校，位列双一流A类、211工程、985工程重点建设高校。东南大学简称东大，主校区位于江苏南，是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，位列国家双一流A类、985工程、211工程。
南京大学其学脉可追溯自公元258年的南京太学，南京大学最早在中国开展现代学术研究，建立中国最早的现代科学研究实验室，成为中国第一所以大学自治、学术自由、文理为基本兼有农工商等专门应用科、集教学和研究于一体的现代大学，被国际上誉为东方教育的中心。
东南大学创建于1902年的三江师范学堂，2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。
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