加湿器一般使用蒸馏水、纯净水，自来水不能直接加入加湿器中。
蒸馏水沸腾后要放凉，并用滤纸过滤一些其中的杂质和水碱后才能放入加湿器使用。这是为了保护加湿器，延长加湿器的使用寿命。纯净水在放入加湿器使用时建议加入少量的醋，达到进一步杀菌的目的。另外矿泉水一般含有很多的矿物质，会对加湿器造成损伤，并且滋生细菌。所以不建议将纯净水放入加湿器里使用。
加湿器不能使用自来水是因为自来水中含有多种矿物质，会损害加湿器。如果自来水硬度较高，加湿器喷出的水雾会因为含有钙镁离子而产生白色粉末，污染室内空气。
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