长期喝乳酸菌的危害是会导致体内有大量的乳酸菌，如果体内有大量乳酸菌，很容易打破肠道菌群的平衡，菌群失调，也会影响食物的吸收效果，不同的营养成分，需要不同的细菌分解和消化。因此不建议经常使用。乳酸菌是一种正常的肠道益生菌，有利于消化吸收食物。
乳酸菌是一类能利用可发酵碳水化合物产生大量乳酸的细菌的统称。这类细菌在自然界分布极为广泛，具有丰富的物种多样性，至少包含18个属，共200多种。除极少数外，其绝大部分都是人体内必不可少的、且具有重要生理功能的菌群，广泛存在于人体的肠道中。
乳酸菌是一种益生菌，其能够将碳水化合物发酵成乳酸，因而得名。乳酸菌分布广泛，通常存在于肉、乳和蔬菜等食品及其制品中。此外，乳酸菌也广泛存在于畜、禽肠道及少数临床样品中，其中，在人类和其他哺乳动物的口腔、肠道等环境中的乳酸菌，是构成特定区域正常微生物菌群的重要成员。
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