卓尼县城海拔2000到4920米。卓尼县位于甘肃省南部、甘南藏族自治州东南部，东与定西市岷县、漳县为邻，南与迭部县、四川省若尔盖县睦邻，西与碌曲、合作市毗连，北与临夏州和政、康乐两县及定西市渭源县接壤，中部与临潭县环接插花。
卓尼县，隶属甘肃省甘南藏族自治州，位于青藏高原的东部边缘，甘肃省甘南藏族自治州东南部，全县总面积5419.68平方千米。卓尼县属高原性大陆气候，县辖11个镇、4个乡，另辖3个乡级单位，县政府驻柳林镇。截至2018年末，卓尼县户籍总人口11.07万人。
卓尼县地处青藏高原东部边缘，大部分为中低山山地丘陵地形。地貌以高原丘陵为主，大部分为中低山地形，地势呈西南高、东北低，由西南向东北倾斜。地形分为基岩裸露的冰蚀高山、平原化的高山剥蚀面、水系轻度至中度切割的中山。
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